Veľkosť územia, veľké výškové rozmedzie, striedanie sa rôznych geologických podloží, špecifické klimatické podmienky a mikroklimatické podmienky v hlbokých dolinách, pôdne pomery a historické činitele ovplyvnili vývoj rastlinstva v Tatrách, ktoré sú priestorom pre existenciu a prežívanie širokej škály druhov. Z územia Tatier je opísaných takmer 1650 druhov a variet siníc a rias, 1200 druhov lišajníkov, viac ako 720 druhov machov a pečeňoviek a 1400 druhov cievnatých rastlín. Viacero rastlín má na tomto území jediné miesto výskytu na Slovensku, prípadne aj v celých Západných Karpatoch.
- Anemone narcissiflora (veternica narcisokvetá)
- Aster alpinus (astra alpínska)
- Antennaria dioica (plešivec dvojdomý)
- Cephalanthera rubra (prilbovka červená)
- Buxbaumia viridis (kyjanôčka zelená)
- Crocus discolor (šafran spišský)
- Cortusa matthioli (kortúza Matthioliho)
- Cypripedium calceolus (črievičník papučkový)
- Daphne mezereum (lykovec jedovatý)
- Drosera rotundifolia (rosička okrúhlolistá)
- Empetrum hermaphroditum (šucha obojpohlavná)
- Gentiana asclepiadea (horec luskáčovitý)
- Gentiana clusii (horec Clusiov)
- Leontopodium alpinum (plesnivec alpínsky)
- Ophrys insectifera (hmyzovník muchovitý)
- Menyanthes trifoliata (vachta trojlistá)
- Oxycoccus palustris (kľukva močiarna)
- Parnassia palustris (bielokvet močiarny)
- Pinguicula vulgaris (tučnica obyčajná)
- Primula auricula (prvosienka holá)
- Primula minima (prvosienka najmenšia)
- Pulsatilla scherfelii (poniklec biely)
- Pulsatilla slavica (poniklec slovenský)
- Salix herbacea (vŕba bylinná)
- Salix reticulata (vŕba sieťkovaná)
- Vaccinium vitis-idaea (brusnica pravá)
- Soldanella carpatica (soldanelka karpatská)
- Adonis vernalis (hlaváčik jarný) – najsevernejší výskyt na Slovensku
- Armeria alpina (trávnička alpínska) – jediná lokalita výskytu na Slovensku
- Campanula serrata (zvonček hrubokoreňový) – druh európskeho významu
- Delphinium oxysepalum (stračonôžka tatranská) – paleoendemit s centrom rozšírenia v Tatrách
- Dryas octopetala (dryádka osemlupienková)
- Epipactis palustris (kruštík močiarny)
- Glaux maritima (sivuľka prímorská) – okrem morského pobrežia rastie aj na slaniskách pri Poprade
- Ledum palustre (rojovník močiarny) – rastie iba na niekoľkých rašeliniskách
- Myricaria germanica (myrikovka nemecká)
- Pedicularis sceptrum-carolinum (všivec žezlovitý) – rastie len na niekoľkých slatinách v podhorí Tatier
- Plantago maritima (skorocel prímorský) – rastie na slaniskách v podhorí Tatier
- Potentilla palustris (nátržnica močiarna)
- Pulsatilla patens (poniklec otvorený) – druh európskeho významu